空き家がある場合の遺産分割の注意点としては、やはり、話し合いが進まないことで様々な不利益を被ることがあるという点でしょう。

まず、遺産にお亡くなりなられた方が居住していた不動産があって、これが空き家の場合で考えてみますと、売却して代金を案分したり、相続人のうちの誰かがもらったりすることを話し合う必要があります。
しかしながら、そういった話し合いがまとまらない場合、当然ながら空き家もそのまま放置されてしまいます。

こういった場合、使わない家の管理費用や税金などの負担が増大していきます。費用だけではなく、建物に風を通するなどの作業や、不審者が使っていないかなども注意することが必要になる場合もあります。

また、誰にも使われない建物が時の経過とともに自然に朽ちてきてしまい、いろいろなところが痛んできて価値が下がることも考えられます。
このような状況が続いて、建物が傾くなどして、近隣の方の生命、身体、財産などに損害を与える危険性が生じるような状況にまでなってしまうと、最近できた「空家対策の推進に関する特別措置法」で言うところの「特定空家」に認定され、行政機関から修繕などの指導、勧告を受けたり、固定資産税の住宅用地特例の廃止による税負担の増加などの不利益を受けることがあります。傾くなどまでいかなくても、例えばお庭にスズメバチの巣ができた、などということで指導を受けることもありますし、その駆除費用もバカになりません。

そして、協議が進んで、ようやく空き家が売れた場合にも、既に「相続の開始があった日から3年を経過する日の属する年の12月31日まで」に売ることができなかった場合、譲渡所得の金額から最高3,000万円まで控除することができる被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除の特例も受けられなくなってしまいます（※こちらは、もともと平成28年4月1日から平成31年（2019年）12月31日までの間に売った場合などの要件がありますので注意してください）。

このように、空き家がある場合に、遺産分割がこれらの遺産の価値の減少や、管理費用の負担増大及び税負担の増加などの不利益は、通常、特定の相続人のみならず、相手方となっている相続人にも影響があります。
従って、空き家がある場合の遺産分割には、これらの点を意識して話し合いに望まれることが必要です。